Национален парк “Рила” е една от най-значимите за фауната защитени територии в България и Европа. Територията му представлява изключително богата мозайка от различни по тип местообитания, повечето от които са практически непроменени от човешката дейност и съхраняват образци на разнообразни и естествени животински съобщества. Фауната на Парка е изключително богата и обхваща 2934 вида безгръбначни и 172 вида гръбначни животни. Повечето от тях са представени с многобройни и жизнени популации.
Сред безгръбначните животни са установени 242 ендемични вида и подвида, както и 244 таксона, които са остатък от минали геологични времена. Така територията на Националния парк се оказва място, където продължават еволюционните процеси и продължават да се формират нови видове безгръбначни животни. Общо 13 вида безгръбначни животни са застрашени от изчезване в планетарен мащаб.
Гръбначната фауна е представена от 5 вида риби, 20 вида земноводни и влечуги, 99 вида птици и 48 вида бозайници. Общо 24 вида гръбначни животни са в световната Червена книга, като застрашени от окончателно изчезване от Земята. Територията на Национален парк “Рила” се обитава от дивата коза, глухара, лещарката и планинския кеклик, пернатоногата и малката кукумявка, златката, както и единствената високопланинска популация на лалугера в България. От едрите хищници се срещат кафявата мечка и вълкът. Паркът е една от териториите в Европа с най-жизнени популации на хищните птици. Същевременно, той представлява основен екологичен коридор между европейската, средиземноморската и предноазиатската фауна.
В Национален парк “Рила” обитава присъща за високите планини групировка птици (скалолазка, хайдушка гарга и пъстрогуша завирушка), което прави територията една от най-представителните в света за орнитофауната на алпийския биом.