Релефът на Пирин планина е разнообразен и включва добре изразена високопланинска част, осеяна с множество езера, гористи планински ландшафти, които определят уникалното фаунистично богатство в планината.
В Национален парк „Пирин“ са установени 2091 вида и подвида безгръбначни животни (паяци, многоножки, насекоми, охлюви и др.). В това число са включени 294 редки вида, 216 ендемита, 176 реликта и 15 вида присъстващи в световни и европейски списъци на застрашените видове.
От гръбначните животни се срещат 247 вида. Това включва 6 вида риби, 8 вида земноводни, 11 вида влечуги, 159 вида птици, 45 вида бозайници.
От рибите змиорката, преди обитавала района на парка е включена в Червената книга на България като изчезнал вид, а планиниският кефал е улавян еднократно в парка. В Червения списък на Международния съюз за защита на природата са включени 2 вида земноводни и влечуги – жабата дървесница и шипоопоашатата костенурка. От птиците в Червената книга на България са включени 31 вида, в Червения списък на Международния съюз за защита на природата – 2 вида, в Европейската конвенция за опазване на дивата флора и фауна и природните местообитания – 148 вида, а в Европейската директива за опазване на птиците – 40 вида. Скалният орел, ловният сокол, трипръстият кълвач, глухарят, лещарката, ливадният дърдавец са част от това многообразие и се нуждаят от специална защита. От бозайниците 5 вида са включени в Червената книга на България, в Червения списък на Международния съюз за защита на природата -12 вида, в Европейската конвенция за опазване на дивата флора и фауна и природните местообитания – 37 вида, а в Европейската директива за опазване на природните местообитания – 24 вида. От особено внимание и защита се нуждаят кафявата мечка и балканската дива коза.
БЕЗГРЪБНАЧНИ ЖИВОТНИ
Те обхващат хиляди видове, голяма част от които са ендемити, реликти, редки и в много случаи реално застрашени от изчезване. Някои от тях се използват като индикатори при оценката на богатството и състоянието на фауната в планината. Видовото разнообразие на установените 2091 вида безгръбначни животни показва, че Националния парк Пирин е територия със значително фаунистично богатство. Този факт се определя и от наличието на 218 ендемични, 176 реликтни и 294 редки (стенотопни) таксона, сред които присъстват и 15 вида включени в Световни Европейски Червени списъци.
ГРЪБНАЧНИ ЖИВОТНИ
РИБИ
Установени са общо 6 вида риби, което представлява около 6 % от сладководна ихтиофауна на България. Два вида, дъговата пъстърва и сивена, не са типични представители на европейската ихтиофауна, а са интродуцирани северноамерикански видове. Във водоемите на Пирин те са разселени чрез изкуствено внасяне на зарибителен материал.
ЗЕМНОВОДНИ И ВЛЕЧУГИ
Сигурно доказани обитатели на НП „Пирин“ от класовете земноводни и влечуги са 19 вида: 8 вида земноводни и 11 вида вида влечуги.
ПТИЦИ
На територията на НП „Пирин са установени 159 вида птици, които съставляват 40 % от видовото разнообразие за територията на България.
БОЗАЙНИЦИ
Установени са 45 вида бозайници, които съставляват около 50 % от сухоземните бозайници у нас. В резултат на полевите изследвания се установи обитаването на 12 вида прилепи.
РЕЛИКТИ И ЕНДЕМИТИ
Реликтите сред гръбначните на Пирин се отнасят към т. нар. глациални реликти. Сред рибите това са планинският кефал и балканската пъстърва; сред земноводните и влечугите -планинската водна жаба, живородният гущер и усойницата; сред птиците- пернатоногата кукумявка, белогръбият кълвач и трипръстият кълвач; сред бозайниците – снежната полевка.
На територията на Пирин се срещат и местни форми (подвидове) гръбначни животни, характерни само за Балканския полуостров – балкански ендемити. С такива подвидове са представени македонският гущер, белогърбият кълвач, балканската чучулига, алпийската завирушка, качулатият синигер, скалната зидарка, кафявата горска полевка и дива коза.
ВИДОВЕ С ПРИРОДОЗАЩИТЕН СТАТУС И МЕРКИ ЗА ТЯХНАТА ЗАЩИТА
Най-голям брой видове с природозащитен статус има сред най-многобройния клас гръбначни животни – птиците, следвани от бозайниците. Сред рибите такива видове са планиският кефал и балкаската пъстърва. Сред птиците предмет на специални мерки трябва да бъдат: малък креслив орел, малък орел, скален орел, орел змияр, лавен сокол, сокол- скитник, глухар, лещарка, планински кеклик, ливаден дърдавец, горски бекас, гълъб хралупар, пернотонога кукумявка, белогръб кълвач, трипръст кълвач. Сред необходимите мерки за тяхното запазване по-важни са: изясняване на причините за намаляването на всеки вид в парка; локализиране на териториите на едрите хищни птици и по-строга охрана на съответните горски участъци. Много от групите безгръбначни и гръбначни животни са изключително чувствителни към негативните антропогенни влияния. В много случаи опазването на застрашените популации животни изисква запазването на техните природни местоoбитания в ненарушен вид, а не защита на отделните представители (Бернска конвенция). Установяването на консервационната значимост на различните хабитати за успешното опазване на фауната се извършва на основата на критериите (отбелязани в Бернската конвенция): видово и популационно богатство и наличието на редки (стенотопни), ендемични, реликтни и застрашени видове (включени в световни или европейски Червени книги).
Редките видове обитават най-често единични находища в малочислени популации. Всяка негативна промяна в климата, замърсяване на околната среда и разрушаване на естествените местообитания могат да бъдат фатални и да доведат до изчезване на видове в локален или ареален план.