По стръмните скали, по планинските поляни и гори на Национален парк “Рила”се срещат около 1 400 вида висши растения; 282 вида мъхове, 130 вида сладководни водорасли.
ВИСШИТЕ РАСТЕНИЯ
Най-многобройна е групата на висшите растения. Те представляват 38,35% от флората на страната. Най-красивите от тях – рилската иглика, павловското шапиче, рилският ревен, янкиевият крем са български или балкански ендемити (видове с ограничено географско разпространение). Общият брой на ендемични видове е 57. Локални ендемити са 3 вида: рилска иглика, павловско шапиче и рилски ревен. С най-широко разпространение в Парка е рилската иглика. Българските ендемити са 18 вида, а балканските ендемити са 36 вида. Множество видове от крайезерната и скална флора са преживели заледяванията. Тук се е формирала голяма група предимно глациални реликти (от ледниковия период). Общият брой на реликтите на територията на Парка е 105.
Национален парк “Рила” е “обетована земя” за редки и застрашени растения. Така от видовете висши растения, установени на територията на Парка, в Червената книга на България са отбелязани 98 вида: 8 застрашени и 90 редки или около 13% от всички видове в Червената книга. Защитени от закона са 42 вида или 10,79% от всички защитени от закона видове. Този факт показва голямата консервационна значимост на парковата територия.
Значимостта на тази територия може да бъде измерена и в континентален (европейски) мащаб. Малко са местата, където в червения списък на Международния съюз за защита на природата (IUCN) са записани 9 вида, срещащи се на територията на парка; в Европейския списък (E/ECE/1249) – 6 вида; в Бернската конвенция са отбелязани 7 вида. В Директива 92/43 на Европейската икономическа общност за опазване на природните местообитания и на дивата флора и фауна са отбелязани 5 вида. В списъка на Конвенцията за международна търговия със застрашени видове (CITES) са отбелязани 5 вида. Ограничаването на търговската дейност с последните видове се отразява особено благоприятно върху растителното разнообразие.
МЪХОВЕ
Поради наличието на изобилна влага Национален парк “Рила” е “царството на мъховете”. Д о настоящия момент са известни 282 вида мъхове от всички екологични групи. Те представляват 41% от българската мъхова флора на видово ниво и 62% от семействата, които се срещат у нас. Макар и да не се различават много лесно, специалистите са установили, че природозащитно значимите са 42 вида.
СЛАДКОВОДНИ ВОДОРАСЛИ
Бистрите студени води на планинските езера (Бъбрека, Сълзата, Окото) крият невидимото с просто око богатство на сладководните водорасли. Общото видово богатство е около 130 вида. Водорасловата флора е с глациален произход. Най-голям брой видове се срещат в субалпийския пояс в езерата и изтичащите от тях потоци. Застрашени са 5, чието разпространение е ограничено само в едно или две езера. Посочените по-горе факти допринасят за увеличаване на стойността на територията като генен басейн опазващ
различни растителни групи.
Те представляват специфична междинна биотична група – между растения и животни.
На територията на Парка са установени 233 вида. Те представляват 11,6% от установените в страната и 50% от общия брой видове за планината.
На територията на Парка има 1 застрашен вид, който е защитен в Европа – Albatrellus cristatus.
Установени са 11 вида ядливи гъби, чието събиране може да представлява търговски интерес: горска печурка; обикновена манатарка; борова манатарка; пачи крак; жълта рогачка; рижика; виолетка; сярножълта коралка; кафява сърненка; обикновена масловка; канеленокафява манатарка.
РАСТИТЕЛНИ СЪОБЩЕСТВА (ФИТОЦЕНОЗИ)
В Национален парк “Рила” се намира най-високия връх на Балканския полуостров – вр. Мусала (2925 м). Структурата на планината и географското й положение са предпоставката, която определя наличието на 4 растителни пояса: буков (представен частично), иглолистен горски, субалпийски и алпийски. В състава им участват дървесни, храстови и тревни съобщества. Горската растителност е представена главно от фитоценози на иглолистни видове. В субалпийския пояс широко разпространение имат иглолистните храсталаци на клека, които са основна коренна растителност на пояса. В алпийския пояс са разпространени тревни фитоценози с незначително участие на малките храсти като синята боровинка и тревистата върба. Така, както има ендемични и редки растителни видове, така има ендемични и редки растителни съобщества като тези на виолетовата метлица и аметистовата метлица, рилския ревен и др.
Растителността на Парка се отнася към Рило-Родопския подрайон на Илирийската провинция на Европейската широколистна област.