Съчетанието от различни климатични условия, релеф и почви, са обусловили забележително растително разнообразие на територията на Нaционален парк “Пирин”. Като естествена среда за растителните и животински видове, горските екосистеми играят основна роля.
В състава на горите на територията на Национален парк „Пирин” участват 16 дървесни вида, като някои от тях са ендемични видове, други са с особено консервационно значение, или представляват едни от най- големите запаси на съответния дървесен вид в Европа или в България. Общата площ на Национален парк “Пирин”е 40 332.4 ха, като залесената площ е 23 110 ха. С най- голямо площно участие е клекът, следван от бялата мура, белия бор, смърча, елата, бука, черния бор и черната мура. Средната възраст на горите в НП „Пирин” е 85 години, като с най- голям дял са горите с възраст над 140 години. По-голяма част от дървесната растителност в парка е представена от типични за района естествени, семенни насаждения – 21 749,3 ха или 94,1% от площта на горите вкл. клек. Останалите гори се състоят от 1 307,7 ха или 5,7% изкуствени горски култури, съставени от дървесни видове от местен произход и 48,0 ха или 0,2% от издънков произход.
Клек ( Pinus mugo) – среща се по високите части от НП “Пирин”- до 2 700м. н. в. и заема най- голям дял от залесената площ на парка- 5 962 ха. Той е изключително бавнорастящ вид, светлолюбив, студоустойчив и добре се развива при ниски температури. Клекът заедно със сибирската хвойната и балканския зановец пазят от ерозия плиткият почвен слой по скалните тераси и сипеи.
Бялата мура (Pinus peuce) – балкански ендемит, чийто ареал се разделя на две части от река Вардар. В България Бялата мура се среща в Пирин, Рила, Западни Родопи, Средна Стара планина, Славянка и Витоша от 1400 до 2100м. н. в.
В Пирин Бялата мура заема 23.4% от залесената площ на парка. Растителните съобщества на Бялата мура са доста разнообразни, като на територията на парка са описани 36 такива. В 13 от съобществата, Бялата мура е монодоминант, а често втория етаж е формиран от клек или хвойна. Много често Бялата мура образува смесени съобщества със смърча, по- рядко с бялия бор и бука. Тя е вид от семейство Борови(Pinacea).
Бял бор ( Pinus sylvestris) – заема предимно южни слънчеви изложения с надморска височина до 2 000 м. Белият бор заема 5 177 ха от залесената площ на НП “Пирин”. При нараняване от ствола на бора изтича смола. Някои я наричат балсам, т. е. ароматичен сок. Тя се стича в нараненото място, втвърдява се и предпазва дървото от загниване и по-тежко заболяване. Въздухът в боровата гора има приятен дъх. Това се дължи на особени летливи вещества, които се отделят от игличките. Те убиват микробите, затова в боровите гори са построени много санаториуми за белодробни заболявания.
Смърч (Picea abies) – заема 2 380 ха от залесената площ на НП “Пирин”, като това са предимно влажни местообитания до 2 000м. н. в. Живее до 1200 години. В критични ситуации отвара от игличките на смърча може да се използва за предотвратяване развитието на скорбут, тъй като те съдържат значително количество витамин С.
Обикновена ела (Abies alba) – заема 1 202 ха от залесената площ на НП “Пирин”. Среща се в местообитания от 300 до 2 000м. н. в. Елата се явява един от най -топлолюбивите и влаголюбиви видове от иглолистните. Кората служи за получаване на танини, смола и багрила. От листата и шишарките се извличат етерични масла, като листата са богати и на витамиин С.
Черен бор(Pinus nigra) – заема по-ниските части от НП “Пирин”, разположени предимно в северната част (парков район Баюви дупки) и заема 924 ха от залесената площ на парка. Среща се на места от 400 до 1 500м. н. в. Има много издръжлива дървесина при липса на кислород, затова се използва за подземни и подводни строежи. Листата са богати на витамин С и йонизират въздуха.
Черната мура (Pinus heldreichii) е балкански субендемит. Ареалът й обхваща Балканския полуостров и част от Южна Италия, и Северна Албания. В България се среща в планините Славянка и Пирин.
Черната мура заема 3.9% от залесената площ на парка, като се среща до 2000м. н. в. предимно по варовитите терени на резервата Баюви дупки. Съобществата на черната мура заемат добре дренирани местообитания, което в повечето случаи се дължи на изпъкналите форми на релефа и силно наклонени терени. В някои съобщества черната мура се среща с клека, а в други участва белия бор и по- рядко смърча.
Бук ( Fagus sylvatica) – заема сравнително ограничена територия от площта на парка- 1 110 ха. Среща се до 1700 м.н. в. Плодовете на бука имат собствено название „букови жълъди“. Вътрешната част „ядката“ е богата на скорбяла и мазнини и с приятен вкус. Съдържат алкалоиди (фагин и др.), поради което, ако се консумират сурови в по-голямо количество, могат да предизвикат опиянение. Плодовете служат за храна на много видове горски животни. Освен като източник на ценна дървесина, буковите гори имат неоценимо значение със своите водорегулиращи, почвозащитни, противоерозионни и др. полезни функции.