Района на Разлог е богат и на разнообразна фауна, която е съобразена с растителните съобщества, които се срещат около града.
В Пирин са разпространени животински видове от евро сибирски, средноевропейски и субсредиземноморски тип. В пояса на широколистните гори се срещат бумката, гръцката дългокрака жаба, жабата дървесница, горската дългокрака жаба, дъждовникът, македонският гущер, тънкият стрелец, вдлъбнато челният смок, турската боа, ивичестият смок, смокът мишкар, котешката змия, леопардовият смок и др.; в пояса на иглолистните гори — планинската жаба, медянката, усойницата; в субалпийския и алпийския пояс — планинската водна жаба, усойницата, живородният гущер. От бозайниците широко са разпространени различни видове земеровки, мишки, сънливци, подземна полевка, снежна полевка, дива свиня, благороден елен, сърна, сив заек, белка, лисица, вълк, мечка, дива коза, златка.
Най-богато е видовото разнообразие на птиците. Установени са 220 вида, от които гнездещи 156. В широколистния пояс широко разпространени са жалобният синигер, дългоопашатият синигер, горската дърволазка, сивата овесарка, пойният дрозд, горският певец, пъстрите кълвачи, чухалът, и др.; редки за страната и с ограничено разпространение са черноглавата овесарка, зеленогушата овесарка, червеногушото коприварче, орфеевото коприварче, планинският певец, големият маслинов присмехулник, градинският присмехулник, белочелата сврачка, пъдпъдъкът, полската яребица, фазанът, скалната яребица, гривякът, гургулицата и др. В пояса на иглолистните гори се срещат червенушката, кръсточовката, канарчето, жълтоглавото кралче, червеноглавото кралче, сивогушата завирушка, горската ушата сова, обикновеният мишелов и др.; в субалпийския и алпийския пояс — пъстрогушата завирушка, хайдушката гарга, домашната червеноопашка, обикновеното каменарче, гарванът и др.
В Рила са разпространени предимно животински видове от евросибирски и средноевропейски тип. В предпланинските райони и в пояса на дъба, горуна и габъра се срещат жабата дървестница, горската дългокрака жаба, зелената и кафявата крастава жаба, стенният гущер, ливадният гущер, големият стрелец, тънкият стрелец, пепелянката; в пояса на бука — дъждовникът, смокът мишкар, медянката; в субалпийския и алпийския пояс — планинската водна жаба, алпийският тритон, живородният гущер, усойницата.
От бозайниците се срещат благородният елен, дивата свиня, сърната, сивият заек, белката, язовецът, лисицата, вълкът, мечката, златката, дивата коза, земеровките, мишките, сънливците, в най-високите части на планината — подземната полевка и снежната полевка.
Птиците за застъпени богато във видовото разнообразие. Установени са около 200 вида, от които 40 вида са защитени:
- в дъбовия пояс гнездят авлигата, черешарката, градинската овесарка, сивоглавата овесарка, градинската дърволазка, дългоопашатият синигер, сивата мухоловка, коприварчетата, черният кълвач, белогръбият кълвач, пъстри кълвачи, чухалът, горската улулица, пернатоногата кукумявка, пъдпъдъкът, гургулицата и др.;
- в буковия пояс — сойката, чинката, горската дърволазка, горската зидарка, черноглавото коприварче, горският певец, гълъбът хралупар, обикновеният мишелов, гривякът и др.;
- на границата между широколистния и иглолистния пояс обитава лещарката;
- в иглолистните гори се срещат глухарът, малкият ястреб, сокерицата, кръсточовката, елшовата скатия, орехчето, сивогушата завирушка, черният синигер, качулатият синигер, еловият певец, белогушият дрозд, имеловият дрозд, горската ушата сова и др.;
- в субалпийския и алпийския пояс — скалният гълъб, обикновеното каменарче, пъстрогушата завирушка, гарванът и др.